Хранение документов, как обязанность предпринимателей, закреплена законодательно. Например, в ч. 1 ст. 17 Федерального закона от 22.10.2004 N 125-ФЗ "Об архивном деле в Российской Федерации" обозначено, что оговоренные хозяйствующие субъекты в течение установленных сроков обязаны обеспечивать сохранность архивных документов. К сожалению, указания на конкретные сроки не консолидированы в одном документе, а прописаны в различных нормативно-правовых актах. Для каждого документа установлены свои сроки хранения. Например, казалось бы такая мелочь, как переписка о приобретении хозяйственного имущества, канцелярских принадлежностей, железнодорожных и авиабилетов, оплате услуг средств связи и других административно-хозяйственных расходах; о предоставлении мест в гостиницах хранится год.
Но больше всего предпринимателей волнуют сроки и порядок хранения документов, непосредственно связанных с налогообложением и уплатой страховых взносов. Продолжительность хранения таких документов закреплены в НК РФ и Перечне типовых управленческих архивных документов, образующихся в процессе деятельности государственных органов, органов местного самоуправления и организаций (утв. Приказом Минкультуры России от 25.08.2010 N 558).
Налоговая документация
Согласно пп. 8 п. 1 ст. 23 НК РФ налогоплательщики обязаны в течение четырех лет обеспечивать сохранность данных бухгалтерского и налогового учета и других документов, необходимых для исчисления и уплаты налогов, в том числе документов, подтверждающих получение доходов, осуществление расходов (для организаций и индивидуальных предпринимателей), а также уплату (удержание) налогов.
В п. 48 Порядка учета доходов и расходов и хозяйственных операций для индивидуальных предпринимателей (утв. Приказом Минфина России N 86н, МНС России N БГ-3-04/430 от 13.08.2002) прописано аналогичное правило, обязывающее в течение четырех лет обеспечивать сохранность первичных учетных документов, книг учета и других документов, необходимых для исчисления и уплаты налогов.
Минфина России также разъясняет порядок и сроки хранения документов. В Письме от 30.03.2012 N 03-11-11/104 чиновники разъясняют, что налогоплательщики-предприниматели, применяющие упрощенную систему налогообложения, обязаны хранить данные налогового учета и необходимые документы в течение четырех лет (независимо от выбранного объекта налогообложения), если иные сроки не установлены законодательством. Причем такой порядок распространяется и на хранение документов электронных систем документооборота (например, "Клиент - банк").
Отдельно поговорим о предпринимателях, выплачивающих заработную плату своим сотрудникам, и выступающих в роли налоговых агентов по НДФЛ. Отметим, что статус агента, однако, не освобождает их от обязанности хранить документы, так как правило о четырехлетнем сроке в полной мере распространяется и на налоговых агентов. Согласно пп. 5 п. 3 ст. 24 НК РФ они обязаны обеспечить сохранность документов, необходимых для исчисления, удержания и перечисления налогов.
Очень важно правильно понимать с какого момента начинает течь четырехлетний срок. Поскольку в Налоговом кодексе нет каких-либо особых указаний по данному поводу, то интуиция нам подсказывает, что таким моментом является факт создания документа. Но, к сожалению, это неверное суждение. Минфин России убеждает, что течение срока начинается после того года (квартала), в котором документ принимался в расчет в последний раз для составления налоговой отчетности, начисления и уплаты налога, подтверждения полученных доходов и произведенных расходов. Если коротко, отсчет срока начинается на следующий год (квартал) после того, как документ использовался в налоговых целях последний раз.
В случае, если предприниматель прекращает свою деятельность и закрывает ИП, за ним остается обязанность хранить документы до истечения четырехлетнего срока. Так заявляет Минфин России в своем от 11.05.2012 N 03-02-08/45.
Однако, для некоторых налоговых документов действует особый порядок исчисления срока хранения. В частности, согласно п. 22 Правил ведения книги продаж, применяемой при расчетах по НДС (утв. Постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 N 1137), книга продаж и дополнительные листы к ней, составленные на бумажном носителе или в электронном виде, хранятся не менее четырех лет с даты последней записи.
В абзаце 7 п. 7 ст. 346.18 НК РФ говорится, что предприниматель, работающий на УСН с объектом "доходы минус расходы",  должен  хранить  документы,  подтверждающие объем понесенного убытка и сумму, на которую была уменьшена налоговая база в каждом году, в течение всего срока использования права на уменьшение налоговой базы на сумму убытка.
В пункте 3 ст. 264 НК РФ указано, что документы, подтверждающие затраты на обучение персонала, хранятся в течение всего срока действия договора на обучение плюс еще один год. А уже после этого начинается исчисление четырехлетнего срока (в противном случае налоговый инспектор не сможет подтвердить правомерность признания расходов, к примеру, в последний год обучения).

Документооборот с внебюджетными фондами
Шесть лет – именно столько составляет срок хранения документов, подтверждающих исчисление и уплату страховых взносов, что и прописано в п. 6 ч. 2 ст. 28 Федерального закона от 24.07.2009 N 212-ФЗ "О страховых взносах в Пенсионный фонд Российской Федерации, Фонд социального страхования Российской Федерации, Федеральный фонд обязательного медицинского страхования". Примерами подобных документов являются платежные поручения на перечисление взносов во внебюджетные фонды и  индивидуальные карточки.
Свои сроки предусмотрены и для хранения отчетности по взносам. Квартальные расчеты хранятся 5 лет согласно строке 390 Перечня, а вот годовые отчеты хранятся постоянно. Получается, что срок хранения квартальных расчетов в соответствии с Перечнем меньше, чем срок хранения документов в соответствии с Законом N 212-ФЗ. Но все же безопаснее при хранении расчетов применять срок, установленный Законом N 212-ФЗ, а именно шесть лет, что позволит избежать возможных претензий со стороны фондов.
Намного больше срок хранения индивидуальных сведений, представляемых в ПФР (о трудовом стаже, вознаграждениях и взносах), который составляет аж 75 лет (строка 905 Перечня).

Способы хранения и необходимые меры
В наши дни большая часть документов создается и хранится в электронном виде на жестком диске компьютера, что удобно. И все равно существуют риски пожара, затопления или кражи носителя информации, а также сопутствующие электронному документообороту риски утери информации по причине вирусной атаки. Потому устанавливайте на рабочее место только официальное ПО, защитите компьютер актуальным обновляемым антивирусом и запарольте доступ к базе данных и рабочему месту надежным кодом.
Аналогичным образом защитите паролем все съемные носители информации (флешки, внешние жесткие диски). У каждого съемного носителя есть свой срок службы, отсюда необходимость периодической их замены.
В случае с бумажными документами следует обустроить хранилище шкафами или сейфами и ограничить доступ в такое помещение посторонним лицам.

Ответственность
Согласно ст. 15.11 КоАП РФ за нарушение порядка и сроков хранения документов на предпринимателя может быть наложен штраф 2000 - 3000 руб.
Также санкции предусмотрены и в Налоговом кодексе, и в Законе N 212-ФЗ. К примеру, на основании ст. 120 НК РФ за отсутствие первичных документов, счетов-фактур,  регистров   налогового   учета   предполагается 
штраф в 10 000 руб. А если в результате нарушения имеет место факт занижена налоговой базы, штраф составит 20% от суммы неуплаченного налога, но не менее 40 000 руб.
За непредставление документов по требованию налоговиков или внебюджетных фондов предприниматель может быть оштрафован на 200 руб. за каждый непредставленный документ, на что указано в ст. 126 НК РФ и ст. 48 Закона N 212-ФЗ. 

Когда документы утрачены
Арбитражная практика ни раз освещала ситуации, когда необходимые для исчисления налогов и взносов документы были утрачены по самым разнообразным причинам от утилизации документов по ошибке или невнимательности (Постановление ФАС Северо-Западного округа от 27.09.2002 по делу N А05-4823/02-276/11), пожара (Постановление ФАС Московского округа от 14.06.2013 по делу N А40-111468/12-20-575) до кражи (Постановление ФАС Западно-Сибирского округа от 29.12.2010 по делу N А27-6824/2010) и потопа (Постановление Арбитражного суда Поволжского округа от 03.09.2014 по делу N А72-9031/2013), и даже уничтожения грызунами (Постановление Первого арбитражного апелляционного суда от 20.02.2013 по делу N А11-3577/2012).
Как поступить в таких обстоятельствах законодательство не регламентирует. Можно лишь изучать судебную практику по аналогичным ситуациям. Но основной тезис, используемый судами, и заключается в том, что обязанность обеспечить сохранность документов лежит на налогоплательщике (Постановление ФАС Западно-Сибирского округа от 31.08.2009 по делу N А46-24100/2008). 
Потому коммерсанта вполне могут привлечь к ответственности, если инспекция или фонды затребуют документы, а их нет (Постановление ФАС Уральского округа от 28.04.2010 N Ф09-2782/10-С2 по делу N А07-10549/2009).
Все, что можно предпринять - это попытаться восстановить документы. Например попросить контрагентов предоставить копии вторых экземпляров. А вот внутренние документы вполне можно составить заново своими силами.
Факт утраты стоит задокументировать, обратившись в соответствующую случаю службу. По факту хищения получаем справку из полиции о возбуждении уголовного дела (Постановление ФАС Восточно-Сибирского округа от 23.09.2009 по делу N А33-12556/08), потопа - акт осмотра помещения Вами и управляющей компанией ЖКХ (Постановление ФАС Волго-Вятского округа от 31.08.2009 по делу N А17-6800/2008) и показания свидетелей (Постановление Арбитражного суда Поволжского округа от 03.09.2014 по делу N А72-9031/2013), пожара - акт о пожаре, предоставленный противопожарной службой (Постановление ФАС Московского округа от 25.10.2011 по делу N А40-151885/10-115-666).
Тем не менее, при любых причинах для предпринимателя существуют риски привлечения к ответственности за утрату документов. Проще говоря – не теряйте товарищи-предприниматели документы.