Открываем электронный кошелек
На российском рынке представлен целый перечень электронных платежных систем: Visa Qiwi Wallet, WebMoney, Яндекс.Деньги и многие другие. Все они предлагают пользователям создать электронный кошелек и совершать с него покупки в интернет-магазинах.
Предприниматель также может зарегистрироваться в электронной платежной системе и принимать оплату от покупателей за свои товары и услуги. Для этого нужно:
1) Проверить соответствие веб-сайта интернет-магазина необходимым требованиям, таким как, наличие информации об индивидуальном предпринимателе, информации о реализуемых товарах (услугах), их стоимости, контактной информации, а также соответствие деятельности по реализации товаров и услуг законодательству РФ и международному праву. 
2) Заключить договор с оператором электронных денежных средств, отправив заявку на подключение к системе. Форма заявки у каждого оператора своя, как и перечень необходимой для регистрации информации (ФИО, контактные данные, статус предпринимателя, вид товаров и услуг).
После проведения процедуры идентификации (ч. 7 ст. 10 Федерального закона от 27.06.2011 N 161-ФЗ), в процессе которой оператор электронной платежной системы проверяет достоверность предоставленных сведений, оператор предложит заключить с ним агентский договор, отношения по которому регулируются гл. 52 ГК РФ. Наличие договора является обязательным (ч. 1 ст. 9 Закона N 161-ФЗ). В нем отражается размер вознаграждения агента, порядок его выплаты, а также порядок и сроки предоставления отчета агента (ст. ст. 1006 и 1008 ГК РФ). Обычно такой агентский договор заключается в электронной форме, при этом необходима электронная подпись и банковский счет (п. 3 ст. 7 Закона N 161-ФЗ).
3) Получить персональный аттестат и цифровой сертификат. Предпринимателю предоставят идентификационный номер, цифровые ключи и код доступа, а также электронный кошелек, защищенный паролем.

Останется разместить на веб-сайте информацию о возможности оплаты товаров через электронный кошелек. Оператор электронных денежных средств будет принимать платежи от покупателей и перечислять их на банковский счет коммерсанта.
Отметим, что продавец не обязан пробивать кассовый чек, получая оплату через электронный кошелек, т.к. о таком способе расчета в  ч. 1 ст. 2 Федерального закона от 22.05.2003 N 54-ФЗ речи не идет. Кроме того, расчеты через электронный кошелек приравниваются к безналичной форме оплаты.
Как это работает
Электронные деньги за реализуемые товары (услуги) принимать можно только от граждан (ч. 9 ст. 7 Закона N 161-ФЗ). При этом остаток средств на электронном кошельке на конец рабочего дня не должен превышать 600 000 руб., либо эквивалентную сумму в иностранной валюте (ч. 7 ст. 10 Закона N 161-ФЗ). Сверхлимитную сумму электронных денег оператор электронной системы обязан сам зачислить на банковский счет предпринимателя (ч. 9 ст. 10 Закона N 161-ФЗ). А вот использовать электронный кошелек при расчетах с организациями или другими индивидуальными предпринимателями запрещено, за чем и следит оператор самостоятельно. Электронные кошельки, открытые организациями и бизнесменами, являются корпоративными (ч. 7 ст. 10 Закона N 161-ФЗ).
Чтобы оплатить товар электронными деньгами, физическое лицо также должно быть зарегистрировано в системе оператора электронных денежных средств.
Покупатель пополняет свой виртуальный кошелек  через терминал либо салоны связи, либо с личной банковской карты. При совершении платежа каждой операции (трансакции) присваивается уникальный номер. Он подтверждает факт перечисления денег. При успешно проведенной операции покупатель получает протокол электронного платежа. А предприниматель получает уведомление о поступлении платежа на счет кошелька (ч. 4 ст. 9 Закона N 161-ФЗ).
Физическому лицу проходить процедуру идентификации необязательно, но от этого будет зависеть сумма электронных средств, которую он сможет использовать в расчетах через виртуальный кошелек. Например, при условии прохождения идентификации можно переводить любую сумму денег в течение месяца, но сумма средств на счете в любой момент не должна превышать 600 000 руб. (Часть 2 ст. 10 Закона N 161-ФЗ). При упрощенной идентификации или ее отсутствии сумма переводимых денег ограничена до 200 000 руб. и 40 000 руб. соответственно, а сумма остатка до 60 000 руб. и 15 000 руб. (Части 5, 5.1 ст. 10 Закона N 161-ФЗ).
Как получить денежные средства с электронного кошелька
Электронные денежные средства предприниматель вправе перевести только на свой банковский счет (ч. 22 ст. 7 Закона N 161-ФЗ). Он может открыть счет у оператора используемой платежной системы, либо предоставить оператору данные о другом банковском счете (ч. 23 ст. 7 Закона N 161-ФЗ). Для перевода неиспользованного остатка денег необходимо заполнить заявку по форме, разработанной оператором, и которая, как правило, размещена на его сайте. При этом укажите необходимые реквизиты счета, куда будут переведены средства. За перевод средств оператором взимается комиссия от 0,8 до 2,5% от суммы перевода.
После того как деньги поступили на банковский счет, их можно обналичить в общем порядке, либо осуществлять безналичные платежи при помощи банковской карты.
Налоговый учет полученной на электронный кошелек выручки
Перевод денег от покупателя продавцу осуществляется в три действия:
- прием от покупателя распоряжения на оплату виртуальными деньгами;
- уменьшение счета кошелька покупателя на сумму, указанную в распоряжении;
- увеличение счета кошелька продавца на равную сумму.
Все вышеуказанные действия производятся одновременно (ч. 10 ст. 7 Закона N 161-ФЗ). Задолженность покупателя перед поставщиком-предпринимателем погашается в момент оплаты, в тот же момент необходимо признать доходы от реализации в налоговом учете.
Предприниматель не обязан сообщать в налоговую инспекцию об открытии электронного кошелька, т.к. обязанность всех налогоплательщиков уведомлять налоговые инспекции об открытии (закрытии) счетов на территории РФ отменена (пп. "б" п. 1 ст. 1 Федерального закона от 02.04.2014 N 52-ФЗ).
Оператор электронных денежных средств не вправе предоставлять клиенту денежные средства в рамках договора потребительского кредита (п. 5 ст. 7 Закона N 161-ФЗ), начислять проценты на остаток электронных денежных средств клиента (п. 6 ст. 7 Закона N 161-ФЗ). Обычно оператором платежной системы выступает небанковская кредитная организация, не являющаяся участником системы страхования вкладов (ст. 4 Федерального закона от 23.12.2003 N 177-ФЗ). Кроме того, деньги на электронном кошельке не являются банковскими вкладами. Поэтому виртуальные деньги не застрахованы (ч. 3 ст. 43 Закона N 177-ФЗ).
При упрощенной системе налогообложения суммы, полученные от покупателей, отражаются в книге учета доходов и расходов в день их получения (п. 1 ст. 346.17 НК РФ, Письмо Минфина России от 20.01.2014 N 03-11-11/1415). Первичным документом для признания доходов будет уведомление от оператора о поступлении средств на кошелек, либо выписка оператора платежной системы по счету виртуального кошелька (Письмо Минфина России от 05.06.2013 N 03-11-11/163).
Доходами является вся сумма оплаты от покупателя без уменьшения на комиссию оператора. При применении УСН с объектом "доходы минус расходы" комиссию оператора можно учесть в составе расходов (пп. 24 п. 1 ст. 346.16 НК РФ). Документом, подтверждающим эти расходы, будет отчет оператора платежной системы по агентскому договору.
Признать доход в целях НДФЛ при общем режиме налогообложения также необходимо в день поступления средств на электронный кошелек (п. 1 ст. 210 НК РФ, Письмо Минфина России от 16.07.2014 N 03-04-05/34662). Полученная от покупателя сумма отражается в книге учета доходов и расходов на основании уведомления оператора о поступлении средств на кошелек, либо выписки по счету виртуального кошелька (Письмо Минфина России от 05.06.2013 N 03-11-11/163). Комиссия оператора за перевод средств на электронный кошелек учитывается в составе расходов при расчете НДФЛ (ст. 221 НК РФ), которые признаются на дату перечисления денег оператору в оплату комиссии (пп. 1 п. 3 ст. 273 НК РФ).